İlimiz hudutları içinde yer alan linyit havzalarındaki madencilik faaliyetlerini yürüten GELİ Müessesesine bağlı Yatağan Eskihisar havzasında ilk çalışmalar 1956, Tınaz-Bağyaka havzalarında 1966, Milas Sekköy ve İkizköy havzalarında 1956 ve Hüsamlar havzasında 1966 yıllarında başlamıştır. 1970”li yıllarda başlayan sondaj çalışmaları ile Eskihisar, Tınaz, Bağyaka , Sekköy , Hüsamlar ve İkizköy sahalarının kömür potansiyelleri ortaya çıkarılmıştır.

Söz konusu sahalardaki linyit kömürünün düşük kalorili olması ve ülkenin enerji sektöründeki sıkıntılar göz önünde bulundurularak bahsi geçen sahalardaki kömür potansiyelinin termik santral yatırımları ile değerlendirilmesi öngörülmüş ve buna göre işletme projeleri hazırlanmış; Netice olarak 1984 yılında Yatağan Termik Santrali, 1986 yılında Yeniköy T.Santrali ve son olarak da 1993 yılında Kemerköy Termik Santrali devreye girmiştir.

İlimiz kömür sahalarında ilk faaliyet Yatağan Eskihisarda 1979 yılında başlamış , bu faaliyetler Yatağan Bölge Müdürlüğü adı altında 1983 yılına kadar merkezi İzmir ‘de bulunan Ege Linyitleri İşletmesi Müessesesine bağlı olarak faaliyet göstermiştir. Merkezi Muğla’da bulunan GELİ Müessesesi Müdürlüğü, Yatağan ,Tınaz-Bağyaka Bölge Müdürlüğü ve Milas-Sekköy Bölge Müdürlüğü olmak üzere 1984 yılında yapılanmıştır.

28.08.1995 yılında yapılan reorganizasyon çalışmaları sonucunda Müessese Müdürlüğü kapatılarak, Yeniköy Linyitleri İşletmesi Bölge Müdürlüğü (YLİ) ile Güney Ege Linyitleri İşletmesi Bölge Müdürlüğü’ne (GELİ) dönüştürülmüştür. Bu dönüşüm sonucunda Muğla merkezde bulunan idari bina ve lojmanların tamamı Muğla Üniversitesine devredilmiştir. Yönetim kurulunun 15.04.2002 tarihli kararı ile Bölge müdürlüklerinin İşletme müdürlüklerine dönüştürülmesiyle GELİ İşletme müdürlüğü ve Yeniköy Linyitleri İşletme müdürlüğü olarak faaliyetlerini sürdürmekte iken, 22.07.2002 tarih ve 34/232 sayılı yönetim kurulu kararındaki “ Genel Müdürlük Merkezinde toplanmış bulunan yetkilerin taşra teşkilatlarına devredilmesi, merkezdeki atalet ve yığılmaların ortadan kaldırılması, taşradaki aktivitelerin, iş ve hizmetlerdeki karlılık ve verimliliğin artırılması “ prensibinden hareketle 01.04.2004 tarihinden geçerli olmak üzere merkezi Yatağan’da bulunan GÜNEY EGE LİNYİTLERİ İŞLETMESİ MÜESSESESİ MÜDÜRLÜĞÜ tekrar tesis edilmiş, yapılanmasını aynen koruyan Yeniköy Linyitleri İşletmesi Müdürlüğü de kurulan Müessese Müdürlüğüne bağlanarak halen faaliyetler bu şekilde devam ettirilmektedir.